色は広義の特性のひとつであり、カードの内枠の彩りとして示されているか、カードの右上に漢字で記されている。
イジンデンにおける色は次の5色のみである：
解説
色はデッキを作る際の軸となり、また制約となる。イジンデンではマリョクでないカードを使うためには色条件を満たす必要があり、色条件はマリョクで整えるため、デッキに入っているマリョクの色でない色のカードを使うことは、能力を使わなければ不可能である。そのため典型的には、使うカードの色をある程度絞ってデッキを作ることになる。
色という仕組みは、具体的な色ごとに得意・不得意を与えるとともに、ゲームの雰囲気作りも担っている。例えば赤は即応やアタック＋といった攻撃的な能力を持つカードが多く、また武人であるようなイジンが多い。一方で青はブロック＋などの防御的な能力を持つカードが多く、また西洋の人文分野におけるイジンが多い、といった具合である。
ルール
カードは5色のうち、1色のみ（単色）であることも、2色以上（多色）であることも、色を持たない（無色である）こともある。無色は色ではない。
色は能力によって得られることもあり、そのような能力のルールテキストには〈「色：［色の列挙］」〉と書かれている。カードが新たな色を得ても、元から持っている色は失われない。
ルール上は色と色の間に有利・不利はない。蟲神器のように、例えば赤のイジンが緑のイジンに対してはパワーを2倍にして計算する、といったことはない。